因朱翊鈞時間有限，因此內廷行走大臣陳矩從侍從室選出數人，按照朱翊鈞的意見，配合張鯨等起草、制定規章制度。
此次整改，將內府工商集團自上而下作出興革。首先在侍從室設立計財處，專門為皇帝理財。計財處內設人事科、資產管理科、運營科、監察科、綜合機要科，共有一百六十人。
整個計財處由張鯨掌總，類似於後世的國資委，但是比國資委權責小得多，只負責全國的皇廠、鹽場、皇店等皇家產業。
明確管理機構以後，朱翊鈞將整個集團拆分，成立鋼鐵管理集團，下轄所有鋼鐵廠；成立玻璃總廠，下設分廠等等。
這些分廠全部建立健全獨立自負盈虧的財務制度，按照計財處的統一規劃調整生產。同時加強計財處監察力量，強化財務和反**監督。
朱翊鈞殫精竭慮，將後世公司的管理手段儘可能的因地制宜，放在大明朝使用。由於本時空此際無法做到長距離的資訊溝通，因此除了設立分廠之外，還將設定在各採礦、收集物資等處的原料提供方也進行分離，財務獨立後，試行自由競爭。
朱翊鈞深知，即使在二十一世紀，大國企的績效和民營比起來也無法競爭。因此，他還是將大部分精力投入到技術升級之上，現階段，只能用領先幾步的技術手段來引領萬曆朝的工業化。
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除了釐清現有的皇廠皇店體系，朱翊鈞另外對武器生產也投注大量精力。
萬曆四年春天立下擊滅董禿子首功的，還不是咬住了董禿子主力的女真騎兵隊，而是一千二百裝備了前裝燧發滑膛槍的薊鎮龍騎兵。經過三年多的努力，包括紙殼定裝藥在內的鳥銃升級版終於定型生產，第一批產品就交給了薊鎮。
明代的火器在宋、元發展的基礎上，躍升了一個大臺階。基本上和西方保持同等進步速度。隆慶年間，火器已居明軍裝備之半數。戚繼光的部隊，火器配比達到了驚人的六成半。
而且以神機營為代表的火器部隊，標誌著整個明軍的戰略、戰術都圍繞著火器展開了變革。而戚繼光所言“有精兵而無精器助之，是為徒強”以及他對火器的高度重視，開發出來的各類戰法，都說明此際的中國和西方國家相比，火器的發展並未落後，甚至可以說並駕齊驅。
但因為沒有理論指導，明代火器的發展也呈現百花齊放，威力不足的特點。
朱翊鈞穿越過來以後，很快指出了火器發展的問題，將三眼銃、一窩蜂、噴火箭等火器製造一律裁撤，以鳥銃為本，專攻火藥製取、銃管材質、定裝火藥、燧發、後裝等方向。
關於大炮的改進方向，朱翊鈞指導兵仗局，從火炮用藥、炮子和炮管材質以及氣密性上下功夫，總而言之和鳥銃一樣，必須射擊更遠、裝彈更快，威力更強。
至於擲彈兵方向，朱翊鈞指導工匠利用石油粗加工產品生產火油瓶和鑄鐵手榴彈兩種產品，一種用來放火，一種爆炸傷敵——這兩種技術水平很低，最先完成改進。
經過三年的努力，由於火藥製取和鋼鐵冶煉方面終於取得長足進步，加上朱翊鈞長期堅持重賞能工巧匠，激發了明代工匠的創新熱情——萬曆三年，新版鳥銃“萬曆十四型”終於定型生產。
該槍在發火方式上，改進了已經裝備明軍的自生火銃，與自生火銃不同的是，加入待發機構，使其更加可靠。另外，為了儘量做到防雨，又加裝了龍頭蓋，可將燧石至於蓋下——僅能防小雨。
在火藥方面，朱翊鈞開始以為明代並無顆粒火藥，後來才知道有，就是製作非常麻煩：需要人工將配好的火藥在木槽中碾上五千五百遍，然後再加上燒酒和成泥，接著碾幾百遍，最後做成藥餅，再分割置於圓筒內滾動成丸。
這個效率朱翊鈞肯定接受不了，但他也不知道如何改進——也沒有精力去深入研究。只能加大懸賞力度，終於有工匠在懸賞的刺激下，發明了懸吊碾磨工具：
以鐵箍固定的木架，上面固定數根帶有很強彈力的木杆，邊上按上手搖齒輪。搖動齒輪時，彈性杆被帶動向下擊打槽內的火藥——因彈性杆的彈性，會自動復位，如此週而復始，一人之力可勝以前數十人。
後來又有工匠將手搖桿做成圓形寬大車輪形狀，內設凹槽，以皮帶和水車連線——直接將人力都省了。
僅此兩項發明，兩位工匠直接進入小康。這火藥碾磨之法，調整力度後，也可用於舂米，於是大江南北，此法被迅速鋪開。
值得一提的是，當時明代製作火藥的配比雖然接近最佳配比，但還是有一定的差異。朱翊鈞直接給出了後世小學生都知道的答案。他同時要求工匠，對火門用藥以及大炮用藥繼續試驗，並最終確定了，還是他給出的比例完全正確。
在槍管方面，材質是最好解決的。由於朱翊鈞當稅收徵管的時候，各種鋼廠——高階的特種鋼廠，還有低端的“三高”鋼廠他都去過，也仔細查過其原料和工藝，以利於核算成本查清其是否漏稅，因此他給大明帶來的第一項材料學的變化，即是推動了鋼鐵製造業的大發展。
霍老栓在集市上購買的新式貼鋼?頭——就是皇家鋼鐵廠的傑作。
有了熟鐵和鋼材，即可用卷管法制作槍管。後來有工匠發明了上下對齊的凹型鐵錘，用畜力或水力驅動後，居然能直接把卷好的粗槍管直接錘細——後世的膛線即用此法錘出，但朱翊鈞和工匠都不知道此類知識，反而用鋼棒將槍管內部出現的膛線磨平，使其光滑。
唯一遺憾的是，朱翊鈞提出的後裝槍，因為化學發展的滯後，並未發明有效的發火藥和擊發藥，目前處於停滯狀態。朱翊鈞見長時間無法突破，即命令新版鳥銃萬曆十四型定型生產。此前，在遼東的王立海用的不過是定型前的試驗版。
萬曆十四型已經無限接近經典燧發槍，槍管下設通條，關頭上另有卡扣，可安裝刺刀——為大雨天拼刺刀設計。
因為在整個的製造過程中，進行了嚴格的質量管理，這款槍終於擺脫了原時空明代末年因**和質量管理不嚴造成火器發展的重大失誤——火槍彈居然不能洞穿明光重鎧。
本時空，經過反覆質量抽檢，萬曆十四型五十步內可洞穿明光重凱後，最後全面定型生產。
在萬曆十四型的基礎上，朱翊鈞還給部分錦衣衛配發一些拉出膛線的“萬曆十五型”，因為線膛槍裝藥、裝槍子慢的缺點在前裝槍改成後裝槍之前無法解決，因此只生產了一千杆，作為暗殺和未來戰場狙擊使用，同時訓練一些神槍手。
薊鎮一千二百騎兵帶著底部有掛鉤的長矛、手榴彈和新型鳥銃，兜到董禿子前頭，擺下陣勢。
這些出現在亞洲大陸上的第一支純火槍隊，將新型鳥銃放在長矛的掛鉤上瞄準，利用輪擊法在草原上劃出了中華文明史上的第一條死線。儘管初次見真章的火槍兵還需要李成梁部的包抄配合，但收到捷報的朱翊鈞知道——帝國現在需要的，僅僅是支撐戰爭的國力了。
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