徐振業回鄉為老孃丁憂守孝，馬鋮也重新投入到工作中，開始正式辦公。
馬鋮的新辦公室設在自己府中，這倒不是馬鋮為國家節省資金，實在是因為沒有那座小廟能容納了馬鋮這尊大佛。因為隨著南京之戰結束，馬鋮的臨時指揮部也就撤銷。馬鋮在戰前是大校場提督，後來是南都鎮守。
大校場提督的衙門在南城外大校場，但是經過這一年的血戰，南城外一片瓦礫，大校場早已經成了爛葬崗，埋了數萬清軍的屍體。
南都鎮守的辦事衙門在皇城內西安門附近，以前歷任南都鎮守都在這裡辦公，但是皇帝現在就在宮內，馬鋮帶著一群如狼似虎的親兵駐紮在皇城內，皇帝實在是不放心，所以皇帝一紙命令將鎮守衙門交給了新任南都提督盧嗣業。
不過好在馬鋮現在還兼任中軍大都督，也可以去中軍都督府辦公。但是馬鋮去了白虎街上的五軍都督府，現這裡房屋狹窄，設施破舊，根本沒法容納馬鋮的屬官，沒辦法馬鋮只好在自己家中專門開闢幾個院子，當成臨時辦公地點。不過好在魏國公府佔地面積很大，馬鋮家中家眷很少，所以馬鋮的上千部屬還是能安置下的。
馬鋮現在是鎮國侯，有了開府的資格，同時比照郡王可以擁有兩衛護軍，所以馬鋮將自己的親兵頭顧勇，從千戶連升八級，直接升為儀衛司指揮使。儀衛司雖然是禮儀部隊，但是馬鋮並不想將儀衛司當成花瓶，上任的第一件事就是讓顧勇去城外清軍俘虜營與流民營，挑選健壯之人充當自己的護軍。
按照軍制馬鋮的兩衛護軍共有一萬一千二百人，以前朱棣削減藩王權力時，將親王三衛護軍減少至三百人。不過馬鋮可不管這些，直接命令顧勇按照朝廷軍制將兩衛護軍招滿額，同時還拿出一衛五千六百人充當騎兵隊伍，使用的都是俘獲清軍的最好戰馬。
馬鋮將護軍擴大規模，也是有弊端的。這些護軍屬於馬鋮的私軍，自然朝廷不會撥錢，所以這一萬多人的武器裝備都要馬鋮來管，好在這一年多馬鋮的糖廠效益不錯，再加上工部兵器局已經成了馬鋮的私產，所以現在馬鋮還能負擔的起護軍開銷。
除了組建自己的護軍，馬鋮還將城外清軍俘虜變成二十營。經過一個多月的清繳，四十萬清軍共有二十四萬成了馬鋮的俘虜。按照事後的統計，四十萬清軍死亡的足有十萬，大部分都是最後一戰中陣亡的。除了這些死的還有數萬人跑進了山區，或者利用各種手段逃到江北。
馬鋮從這二十多萬清軍中挑選出十萬精銳，將他們分成二十營，開始進行新兵訓練。不過馬鋮並不想將這十萬都充入新軍，馬鋮現在的實力有限，實在沒辦法搞到十萬人的武器裝備。所以馬鋮要從這十萬人中挑選出四萬人充入新軍，其他人當成預備隊，也就是隨軍壯丁。
剩下的十多萬清軍俘虜就簡單了，反正魏國公家有的是土地，馬鋮大筆一揮
這十多萬清軍都成了自己的佃戶，負責耕種馬鋮的數萬畝土地。
隨著時間的推移馬鋮的工作進入正軌，新兵訓練如火如荼的進行，南京周圍的荒地也在有序的開墾，可是朝廷上對馬鋮不利的訊息卻越來越多。
其實很簡單，馬鋮將自己的護軍擴充至一萬多人，已經出了法律的限制。再加上朝中東林黨這幫攪屎棍拿著放大鏡在找馬鋮的錯誤，所以在他們得到訊息後，第一時間就上本參了馬鋮。
可是東林黨們忘了馬鋮還有一個輔老子，在馬士英的協助下，皇帝對馬鋮並沒有什麼意見，畢竟這時馬鋮剛被封為鎮國侯，熱乎氣還在。
可是隨著時間的推移，皇帝朱倫奎對馬鋮越來越不滿。在馬鋮將十多萬清軍俘虜充當自己的佃戶後，朱倫奎的忍耐程度終於到頭了。這並不能怨皇帝小心眼，沒有一個皇帝能眼睜睜的看著手下多出十多萬的佃戶。現在這些人是佃戶，如果你有什麼小心思，這十多萬人就是南京城外的定時炸彈，要知道南京城內的軍隊才不過八萬人，戰鬥力還不一定有你的佃戶強。
在紹武二年六月初七，皇帝的忍耐力終於達到極限，命人傳馬鋮入宮，要他解釋一下為什麼私自將清軍俘虜充做佃戶的事情。
馬鋮在家中接到聖旨，鎮國侯府的長史王顯趕緊說道：“侯爺，這份聖旨不簡單，請侯爺小心應對！”
馬鋮有了開府的權利後，馬上將王顯調入府中擔任自己的長史，官職從從二品的副總兵轉成了正五品的長史。雖然品級降了，但是王顯也感動的要死，文官的五品那裡是武將能比的？王顯只是個秀才功名，按照以前王顯就是讀書讀到死也不可能成為五品文官。
馬鋮看了看聖旨笑著說道：“王先生不用擔心，皇帝只是對本侯有些忌憚，還不至於卸磨殺驢！”
王顯現在的身家性命都繫於馬鋮一身，聽馬鋮不在乎趕緊提醒道：“侯爺，要不調城外的顧勇進城，萬一。。”
馬鋮的護軍人數太多，自然不能待在城裡，所以平時由顧勇統帥駐紮城外。現在王顯要調顧勇進城，就是打著萬一事情不順好造反的打算。馬鋮的護軍雖然只有一萬多人，城內的明軍足有八萬，但是馬鋮的護軍都是挑選的精銳，基層軍官都是與清軍血戰過的老兵，真打起來城內的那些衛所軍自然不是對手，更不要說城外還有忠於馬鋮的二十營新軍。
聽王顯如此小心，馬鋮笑著搖手說道：“不用了，王先生放心，本侯肯定沒事的！”馬鋮說完出門上馬，只帶了十名親兵趕往皇宮。
這時候皇宮內的禁衛軍指揮官已經換成了梅春，這傢伙對皇帝極為忠誠。不過馬鋮畢竟名聲在外，再加上梅春以前是馬鋮的手下，所以看到馬鋮來了，梅春趕緊來到城門口恭迎。
“末將恭迎鎮國侯！”
馬鋮來到梅春前面笑著說道：“梅春啊，現在也是
提督了，恭喜了！”
梅春趕緊拱手說道：“那裡，末將的功勞都是拜侯爺所賜！”
馬鋮點點頭，將親兵留在門口，自己騎著馬跟著領路的小太監走進皇城。到了乾清門這裡馬鋮下馬，然後有小太監進去通報。一會兒的功夫乾清宮裡傳來旨意，讓馬鋮覲見。
六月份天氣很熱，馬鋮站在門口就看到乾清宮內的朱倫奎，馬鋮跪在門口叫道：“臣馬鋮，拜見陛下，陛下萬歲！”
朱倫奎笑道：“愛卿快快請起，進來吧！”
馬鋮走進大殿中，才現大殿中並不是自己一個臣子，整個內閣班子都在這裡。
馬鋮進入大殿剛站好，就聽錢謙益那尖細的嗓音叫道：“陛下，臣彈劾鎮國侯馬鋮，私自擴大儀衛司規模，不經請旨擅自編組俘虜，不經請旨將十多萬俘虜編成自家的佃戶，這是要幹什麼？所以臣以為馬鋮有不臣之心，請陛下下旨將馬鋮斬！”
馬鋮聽錢謙益說完看了看邊上的老子馬士英，馬士英氣的臉色鐵青，大概剛才已經和錢謙益爭論過。馬士英身後的阮大鋮閉著眼睛不一言，正在裝死狗。
朱倫奎聽錢謙益說完笑著問道：“馬愛卿，錢謙益說的可是實言？”朱倫奎問的輕鬆，可是話語中可是含著殺機，如果你馬鋮承認，馬上謀逆的大帽子扣下來，不死也要掉層皮。
朱倫奎原本以為馬鋮要申辯兩句，那知道馬鋮直接說道：“對啊，錢謙益說的都是真的！”
馬士英沒想到馬鋮能直接承認，愣在那裡不知道下一步怎麼辦，就連裝死狗的阮大鋮也睜開眼睛，一臉不可思議的望著馬鋮。
錢謙益聽馬鋮承認大喜，趕緊說道：“既然鎮國侯認罪，那請陛下將馬鋮給三法司會審！”
錢謙益主管刑部、禮部和都察院，三法司就是他家的後院，馬鋮落到他的手裡還能逃了好？錢謙益這時心中已經打好算盤，等馬鋮落入自己手裡，先打個一百殺威棒，再來個老虎凳當開胃菜，最後上個夾棍讓他欲仙欲死。
就在這時馬鋮問道：“請問錢大人，你說要將馬鋮交給三法司會審，請問馬鋮犯了什麼罪？”
錢謙益冷笑道：“馬鋮，大明律規定儀衛司不能過三百人，可是你呢？已經達到了一萬一千二百人，這還不算犯法？還有你私自編組軍隊、私自將戰俘編成你的家奴佃戶，這還不算犯法？”
馬鋮聽錢謙益這麼說，趕緊叫屈道：“陛下，各位閣老，馬鋮這麼做並沒有犯法，都是按照祖制來的！”
錢謙益罵道：“馬鋮，你胡說什麼？什麼祖制？從世祖皇帝開始就已經開始削減各衛護軍，到武宗時朝廷下文，明令規定儀衛司不得過三百人，你這不是犯法嗎？”
馬鋮聽錢謙益說完嘿嘿笑道：“錢大人，你說的祖制是世祖皇帝，但是本人說的祖制確是太祖皇帝！”
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