对59例egfr突变的晚期nsclc患者的肿瘤活检标本进行了检测，这些患者以前在1g/2g tki上经历过pd。

在38例(63%)患者中检测到egfrt790m。

1g/2g tki的中位ttp为10.

3个月(范围为1.

3-75.

8个月)，t790m?

组和t790m组分别为7.

4月和13.

6个月(hr，1.

64;

95%ci， 0.

95-2.

83;

p=0.

07;

补充图s5)。

在t790m和t790m?

组之间，之前接受治疗的情况没有差异，包括作为最后线治疗的egfr tki(65.

8% vs.

61.

9%，p=0.

76)、以前使用过化疗(76% vs.

66%，p=0.

75，wilcoxon检验)，或化疗暴露的持续时间(平均215天 vs.

175天，p=0.

75)。

与以前的报告一致，显微镜下的组织学转化是罕见的，一例鳞状转化(a450)和另一例混合腺癌小细胞组织学(a092)在基线和耐药后都观察到了。

t790m和t790m?疾病状态的基因组图谱

我们首先评估了我们队列中的体细胞基因组改变（除egfr t790m外）与38例晚期egfr突变非小细胞肺癌患者的治疗初期队列（wes数据）的患病率差异。

tp53 snv改变在tki耐药人群（63%）中比治疗初期人群（45%）更为普遍。

此外，我们检测到与治疗初期肿瘤相比，治疗耐药肿瘤中tert和编码于14q22的三个基因（ptgdr、sav1和sos2）的基因组扩增率总体较低。

接下来，通过比较t790m和t790m?

，我们试图确定先前报道的并确定潜在的新的治疗可处理耐药机制?

抗tki的样品。

5例（8%）患者出现met改变，主要发生在t790m?

患者队列。

在一名患者（a056）中，检测到导致met外显子14跳跃（metex14）的剪接位点缺失，外显子14处的转录缺失通过rnaseq数据验证。

该患者还表现出染色体臂7p缺失（egfr突变缺失）和12q扩增（包含mdm2和cdk4，通常用metex14扩增）。

同样，我们没有在另一名t790m?

患者中检测到原发性外显子19缺失/l858r突变（a058），表明失去激活egfr突变是获得性耐药真正罕见的机制。

pik3ca突变（n=10，17%）和her2扩增（n=4，7%）是常见的，但基于t790m状态没有差异（分别为p=0.

69和p=0.

54），尽管耐药肿瘤中pik3ca改变的频率（17%）总体上高于晚期治疗未经egfr突变肿瘤的患者（5%，p=0.

09）。

在pik3ca突变中，值得注意的是，大多数是克隆的（n=5/7），并且由clinvar注释为可能致病的（n=6/7）综上所述，这表明pi3k信号在介导tki抵抗中的作用独立于t790m状态。

鉴于keap1和nfe2l2共突变在产生治疗抵抗中的潜在作用。

然而，我们没有在队列中检测到任何nfe2l2突变，我们只在t790m肿瘤（a449）中检测到一个keap1突变。

tp53改变是在大约一半的egfr突变的肿瘤中发现的早期克隆事件。

与t790m患者相比，t790m?

患者tp5 3基因突变显著丰富(86%vs.

5 0%，p=0.

0 1)，其中大部分(n=36/37，97%)为早期克隆事件(n=3 6/37，97%)，与t790m患者相比差异有显著性(p=0.

0 1)。

此外，mdm2和yeats4扩增在t790m患者中更为常见，且与tp53突变互斥(p=0.

004)。

这两个基因位于同一染色体位置，负调控tp53。

正如我们和其他人以前报道的，已知的癌症驱动基因突变的数量越多，多变量分析的ttp越短(hr，1.

41；95%ci，1.

09-1.

81；p=0.

008；补充图s8a)。

特别是，并发的rb1/tp53改变(n=5)与t790m状态无关的ttp密切相关，与最近的一份报告一致。

拷贝数分析发现，wgd是常见的，与治疗初期egfr突变肿瘤中观察到的比率(88% vs.

89%)相当。

然而，在7名(12%)没有wgd的患者中，所有人都是t790m(嵌入图像测试，p=0.

04)，并且有egfr外显子19的缺失，这表明wgd的缺失预示着t790m耐药疾病的出现。

在t790m和t790m?

肿瘤之间，基因组不稳定指数(gii；中位数分别为52%和55%)没有差异，也没有发现tp53共突变与gii增加相关。

t790m?

患者的肿瘤突变负荷高于t790m患者(tmb中位数为2.

36 vs.

1.

66个突变/mb，p=0.

02，图1c；补充图1c、s9a)，可能是由于t790m?

队列中的吸烟者数量较多

接下来，我们检查了t790m?

患者3q23(包含pik3cb、mras和foxl2等基因)和t790m患者14q21(包含foxa1和nkx2-1)与t790m状态揭示扩增相关的反复焦点扩增和缺失事件(补充图s10)。

值得注意的是，3q arm扩增在t790m?

组(57%)高于t790m组(13%)，并且是唯一有统计学意义的arm水平事件(图1e，embedded image-test p≤0.

001)。

我们证实了染色体3q基因(包括sox2)在3q臂增加的患者中有较高的表达(补充图s11c)。

为了了解tki治疗后这些染色体水平改变可能获得的程度，我们再次与治疗前的队列进行了比较。

在治疗-初始队列中，38例中有7例(18%)出现了3q增加(补充图s3)肿瘤。

这一结果明显低于t790m?

(p=0.

003)，但与t790m患者相似(p=0.

53)，提示3q扩增可能是t790m?

肿瘤特异获得的。