部大臣，盧象升擔任軍務部大臣，楊廷麟擔任工務部大臣，賀逢聖擔任教育部大臣。內務部大臣暫時空缺。
按照規定，內閣大學士，只能擔任中央官職。因此，張慎言、楊廷麟、賀逢聖等人，都必須去掉地方的官職，到中央就任。盧象升也必須去掉軍隊的官職，專職擔當文官。
內政方面的整頓，相對來說，是比較簡單的，只需要改掉稱呼即可。但是，有關軍隊的整頓，就顯得比較繁瑣，比較謹慎了。在軍務部之外，張準決定設立總參謀部，專門管轄作戰部隊。
軍務部和總參謀部是並列的，兩者都直接接受張準的管轄。但是，總參謀部負責的領域，更加的專業一些，主要負責行軍打仗，主要管轄野戰軍團。其他的事務，都交給軍務部來處理。
總參謀部由虎賁軍陸軍、海軍、海軍陸戰隊的高層組成，成員為五人或七人。他們直接接受張準的領導。總參謀部的成員，都全部都是武將。這在一定程度上，改變了明末武將沒有機會面對皇帝的困局，同時，也保留了文官對軍隊的一定的控制權。
考慮到新帝國對外擴張的需要，張準決定，對虎賁軍進行全面的整編。原來的營一級編制，已經無法適應戰略的需要。由於有營級編制，又有軍團級的編制，這導致在一定程度上，出現了些許的混亂。因此，張準決定，組建大量的軍團。
陸軍繼續保持青龍、白虎、朱雀、玄武四大軍團，他們是華夏帝國最強大的機動作戰力量。他們將獲得最優秀的兵員，最精良的裝備，最優厚的待遇。當然，他們的訓練，也將是最嚴格的。每個軍團的兵力，都保持在三萬人左右。
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