組織機構的建立是一切行政的基礎。內閣擴大之後，文淵閣本就緊張的辦公場所明顯不夠，朱翊鈞將西苑南海的部分宮室進行了擴建、翻修，以宮牆隔之，並題之名為“政事堂”，作為內閣新的辦公地點。
原內閣在紫禁城的辦公地點文淵閣，就空出來用作內務府的辦公地點，內務府下設的侍從室還在養心殿。
如此一改，內閣在空間上也變更了它本來的用途，文武百官都看得清清楚楚：以前的張居正，以“備以顧問”大學士的名頭，實際擔任著首相的工作。今日搬入政事堂的張太嶽，則已經做到了“名實相符”，總理內閣大臣張居正執掌的就是前朝宰相的權柄。
政令在制度上的混一，大大的強化了內閣的權威，讓張居正在法理上具有了控制政府的權力。可以說，除了軍權、司法權和侍郎以上的人事權由皇帝親掌，張居正的權柄之重，在歷朝歷代的宰相中，也排在前列。
與故宋政治制度不同的是，政事堂並非由中書門下省合併而來，也非與六部並列，而是直管變法後的九部。張居正總理政府，並分管禮部、吏部。其下設副相若干，分管其餘各部：
呂調陽分管民政部、教育部；王國光分管度支部、驛政部和原工部加戶部兩部分職能合併而成的農工商部；張四維分管刑部和建設交通部。
六部化為九部，在分散了權力的同時，又將原有的四寺進行了集中：太常寺、鴻臚寺併入禮部；光祿寺併入內務府；太僕寺併入驛政部。
除上述變化外，大理寺、都察院名稱沒有變化，職能則進一步擴大，且不受內閣管轄，與九部尚書級別並列，受皇帝直轄；
原屬於輔臣部門的通政使司取消，職能一分為二，部分劃歸侍從室，部分劃歸內閣；翰林院名稱、職能不變，受皇帝和內閣共同管轄；國子監歸屬教育部；宗人府、詹事府名稱、職能不變。
在整個改革中，最讓朱翊鈞頭疼的是六科：這個封建集權的強力抓手，放在任何一個序列都違和，且都會帶來朝廷運轉的低效率。
最後，經過反覆思索，朱翊鈞不能放棄這個朝政的糾錯器和減壓閥，因此六科名稱未變，職能擴大：朱翊鈞將朝廷行政管理體制和機構改革以及機構編制的日常管理工作從吏部剝離，放在了六科——即後世的編制委員會辦公室。
事實證明，六科的改革成為整個機構變革的點睛之筆——在新的各部職能交叉、權力清單的確責上起了決定性的作用。
......
張居正回京之後，接手的就是這樣一個搭起了架子，逐漸開始磨合的新的朝廷。在政事堂主持召開了幾次各部尚書參加的內閣擴大會議之後，本就志以天下為己任而才又能副其志的張居正，有一種如臂使指的感覺——發號施令不再有掣肘，不必再像以前那樣做大量的溝通協調工作!
因為變法後的朝廷規定了“行政首長負責制”，即俗語說的“官大一級壓死人”，下級只需要執行上級的命令，如果上級的命令僅有大綱，下級還有些發揮的餘地；若上級命令詳盡——你聽命執行就好。
如果其他的宰相和首輔的能力算是航母上的重油發動機，張居正就好比核反應堆。原來他需要很多的潤滑油和冷卻液才能工作，現在則不用了。他終於在新的政治體制中找到了最合適的位置，他只需要聽彙報、看材料、開會、調研、分析、思考——發號施令，全體凜遵！
現在的張居正，也沒有了天黑必須出宮，回家加班的限制——他可以住在政事堂。和他一樣，政事堂的每一個人都可以突破宮禁的限制，在政事堂無限加班。
由此，京師就有了三個場所在夜間燈火通明，前兩個分別是教坊司衚衕和日報社，新增的這一個就是政事堂。
......
張居正在萬曆六年落實的第一件要務，就是要按照皇帝在萬曆五年初的計劃，召開宗親大會。
為了這次會議，宗人府和皇帝已經造勢了大半年，成效斐然。而且下半年的張文明遇刺案，很多刺頭宗室又被錦衣衛重點照顧了一番，導致宗室改革的阻力大減。
其中，有好幾個平日裡在家大放厥詞，攻擊新政和變法的王爺和郡王，都被納入了整治名單，國除抄家。這一下，徹底把宗室給鎮住了。
這些被國除抄家的宗室，對新政和變法最不滿意的，其實還不是皇帝的變法大詔，而是朱翊鈞在鹽政改革時沒有考慮宗室利益。鹽政改革讓他們以前倒賣鹽引的收入，全沒了著落不說，朱翊鈞竟然將宗室排除在採購鹽場範圍之外，讓這些宗室早就憋了一肚子火。
然而，生氣發怒也只是無能狂怒罷了。正如朱翊鈞和張居正在研究宗室問題時所判斷，經過兩百多年的廢物養成，大明已經無法再產生靖難時期的王爺。對於中央朝廷來說，如果朱翊鈞不要臉，完全可以用武力甩掉這些包袱。
當然，宗室之中也有例如朱載堉父子那樣的國之干城，對於有能力的宗室，朱翊鈞還要加以重用，作為帝系屏藩。
更為重要的是，朱翊鈞還要利用宗室，儘快的推動大明工業化的發展。
截止萬曆六年初，在天機閣的培育下，已經誕生了好多大明的生產型企業，但富有宗室手中握有大量的資本卻不去投資生利，是一種巨大的金融成本損失——這也是張居正決定利用宗室改革來啟動變法重要原因。
張居正帶領內閣、禮部籌備的宗親大會，要實現的目標主要是兩個：一是要讓宗室接受降等襲爵的政治安排。二是要把他們手裡的錢引誘出來，作為大明發展工商的啟動資金。
要實現這兩個目標，當然不能靠宗室的自覺性。張居正經過和朱翊鈞反覆討論，決定多管齊下，一是以八家****為誘餌，分化瓦解宗室，讓他們不能抱團抵抗；二是利用內府工商集團，在剝離非核心業務的同時，拿出好東西來鼓勵宗室投資。
至於召開宗室大會的理由，朱翊鈞道：“皇后年前檢查，已經懷有身孕。有這般大喜事，可以讓宗親們來京師，走動走動。”
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