當朱倫奎在朝會上說出準備任命祁彪佳為江南巡撫的時候，馬士英可是心中一驚。他太瞭解皇帝這麼做為的什麼，無非就是派出一個心腹，去前線牽制馬鋮。
明代巡撫最初出現在永樂年間，也算是朱棣的明創造吧。實際上，那個時候的巡撫和之後的巡撫並不是一回事。
朱元璋在佔領全國後，廢除明代中書省，在地方設定布政使司，最高長官為布政使，主管全省事務，地位相當於我們今天的省長。
本來布政使管事也算正常，但朱元璋有一個嗜好就是分權，他絕不放心把一省的所有大權都交給一個人，於是他還另外設定了兩個部門，分管司法和軍事。這兩個部門分別是提刑按察使司和都指揮使司，最高長官為按察使和都指揮使。
老朱搞這麼一手，無非是為了便於控制各省事務，防止地方坐大，本意不壞，但後來的事情展又出乎了他的意料，這是因為他的這一舉動正應了中國的一句俗話：三個和尚沒水喝。
雖然這三位長官的職權並不相同，布政使管民政、財政、按察使管司法、都指揮使管軍事，但大家都在省城辦公，抬頭不見低頭見，關係處得不好，也是很麻煩的。平日裡三家誰也不服誰，太平時期還好辦，萬一要有個洪災旱災之類天災，如果沒有統一調配，是很麻煩的，特別當時還經常出現農民起義這種群眾性活動，沒有一個總指揮來管事，沒準農民軍打進官衙時，這三位大人還在爭論誰當老大。
為了處理這三個和尚的問題，中央想了一個辦法，就是由中央派人下去管理全省事務，這個類似中央特派員的人就叫巡撫。要說明的是，中央可不是隨便派個人下來當巡撫的，在論資排輩十分嚴重的中國官場，能被派下來管事的都不是等閒之輩，一般來說，這些巡撫都是各部的侍郎（副部級）。
與很多人所想的不同，在永樂時期，中央官員序列中實際上並沒有巡撫這個官名，所謂的巡撫不過是個臨時的官職，從這個名稱就能看出來，巡撫巡撫，巡查撫民。所以中央的本意是派個人下去管事，事情辦完了你就回來，繼續幹你的副部級。
可是天不隨人願，中央大員下到地方，小事容易辦，要是遇到民族紛爭問題和農民造反這些大事，就不是一年半年能回來的了。要遇到這種事情，巡撫可就麻煩了，東跑西跑，一忙就是大半年，這裡解決了那裡又鬧，逢年過節的，民工都能回家過年，而有些焦頭爛額的巡撫卻幾年回不了家。
本來只是個臨時差事，卻經常是一去不返，巡撫也有老婆孩子，也有夫妻分居，子女入學這些問題，長期掛在外面也實在苦了這些大人。中央也麻煩，往往是這個剛巡迴來，又有彙報何處出事，地方處理不了，需要再派，週而復始，也影響中央人員調配。於是，在後來的歷史展中，巡撫逐漸由臨時特派員變成了固定特派
員，人還算是中央的人，但具體辦公都在地方，也不用一年跑幾趟了。
既然說到巡撫，我們就不得不說與之相關的兩個官職，總督與督師。巡撫雖然是大官，卻並非最大的地方官員，事實上，比巡撫大的還有兩級，這兩級官員才真正稱得上是舉足輕重的人物。
明朝政府確定了巡撫制度後，又出現了新的難題，因為當時的農民起義軍們經常會變換地點，也就是所謂的打一槍換一個地方，也算是游擊戰的一種，山東的往河北跑，湖北的往湖南跑，遇到這種情況，巡撫們就犯難了。
比如浙江巡撫帶著兵追著起義軍跑，眼看就要追上，結果這些人跑到了福建，浙江巡撫地形不熟，也不方便跑到人家地盤裡面去，就會要求福建巡撫或是都指揮使司配合，如果關係好也就罷了，算是幫你個忙。關係不好的那就麻煩了，人家可以把眼一抬：“你何許人也，貴姓？憑什麼聽你指揮？”
為了處理這種情況，中央只得再派出更高級別的官員（一般是尚書正部級），到地方去處理事務，專門管巡撫。這些人就是所謂的總督。總督一般管兩個省或是一個大省（如四川總督只管四川），可以對巡撫令。
按說事情到這裡就算解決了，可是政策實在跟不上形勢，到了明朝後期，如李自成、張獻忠這樣的猛人出來後，游擊隊變成了正規軍，排場是相當的大，人家手下幾十萬人，根本不把你小小的巡撫、總督放在眼裡，正規軍不小打小鬧，要打就打省會城市，一鬧就幾個省，總督也管不了。
在這種情況下，中國有史以來最大的地方官出場了，疲於應付的明朝政府最後只得又創造出一個新官名督師。這個官專門管總督，農民軍鬧到哪裡，他就管到哪裡，當然了，這種最高級別的地方官一般都是由中央最高文官大學士兼任的。
明代最牛逼的督師就是崇禎六年任命的督師盧象升，他的職務為總理川、陝、湖廣等七省的軍務，半個中國都在他的管理之下，真是牛逼閃閃亮的人物。
不過在這個時空裡還有一個比盧象升、洪承疇還要牛逼多的大人物，那就是我們的主人公，經略南直隸、兩廣、閩浙、江西、湖廣、雲貴九省的馬鋮，基本上除了亂成一鍋粥的四川，整個長江以南都歸馬鋮管理。
不過人家盧象升、洪承疇、楊鶴都掛著大學士的官銜，馬鋮則半點文官頭銜沒有，在滿朝文臣眼中，他的督師名頭與盧象升等人還差些火候。
祁彪佳在弘光前期就是江南巡撫，但是在後期被張孫振彈劾丟官，這個巡撫就由馬士英的妹夫楊文驄擔任，不過楊文驄水平夠用，但是打仗嗎就沒有他繪畫的水平高了。等多鐸帶領滿清大軍渡過長江後，楊文驄帶著幾萬軍隊連戰連敗，將長江南岸的重鎮鎮江丟失，讓多鐸輕易的在長江南岸取得了落腳點。
楊文驄逃
回南京後，按照朝廷的規章制度應該追究他的責任，但是當時朝廷上的注意力都在對抗清軍，再加上馬士英居中斡旋，楊文驄半點責任沒有，反而搖身一變成了小九卿之一的尚寶司正卿，負責管理內閣的文書傳遞工作。
馬鋮雖然可以兼管行政，但是馬鋮領兵作戰，自然無法專注地方行政，所以馬士英早就打算派一個心腹去擔任這個江南巡撫，讓自己的兒子沒有後顧之憂。現在聽皇帝要派東林黨的祁彪佳去，馬士英自然不肯就範，馬上示意黨羽開始攻擊祁彪佳。
馬士英的黨羽別看打仗不行，但是打悶棍窩裡鬥那一個個都是行家裡手，潑糞的手段僅次於那些自詡為正人君子的東林黨。馬士英的命令一布，他的御用打手張孫振馬上站出來彈劾祁彪佳。
張孫振不虧是吃這飯碗的行家，臨場揮列出十不可，從祁彪佳的人品到性格，將祁彪佳貶的一無是處。
張孫振雖然厲害，可是不要忘了東林黨那邊也不差，很快被重新啟用的苑馬寺卿張縉彥，站出來為祁彪佳仗義執言，完全不顧自己只是個養馬的弼馬溫。
馬黨與東林黨在這裡唇槍舌劍打得熱鬧，阮大鋮帶領一幫正牌閹黨卻在一邊看熱鬧。過了好半天阮大鋮站出來開始為東林黨說話，這個轉變可讓阮大鋮的鐵桿，工部尚書楊維垣十分不解。按理說阮大鋮與東林黨勢同水火，這個時候不上去踹兩腳就不錯了，怎能還為他們說好話呢？
不過阮大鋮為閹黨領袖，老大說話了手下自然要遵從。在歷史上南京城破全家自殺的楊維垣，這時根本不管馬鋮的救全家之恩，站出來攻擊馬鋮。
現在事情鬧到這個地步，朝中三個閣老兩個支援祁彪佳，錢謙益感覺時機差不多了，站出來說道：“陛下，既然列位同僚有異議，那就廷推吧！”
廷推是明代官場一項民主制度，也就是投票，在朝政大事決定不下來的時候，往往利用這種投票的方式來解決。不過投票的官員級別有限制，只能在京四品以上官員才有權投票。
馬士英一看事情要遭，趕緊站出來反對。馬士英的黨羽佔據高層的一半，大九卿與小九卿有一半都是馬士英的心腹，這樣在朝堂打嘴仗馬士英不懼任何勢力，就是阮大鋮與錢謙益聯盟也不過與馬士英旗鼓相當。
可是廷推不同了，馬士英到南京主政時間太短，那些四品的中級官員很多並不是馬士英一黨。而東林黨在南直隸經營上百年，這些四品的中級官員大部分都是同情東林黨的，所以廷推肯定對馬士英不利。
不過這時朱倫奎為的就是啟用祁彪佳給馬鋮扯後腿，自然不能讓馬士英如意，所以朱倫奎很快下旨在京四品以上官員上摺子廷推。
三天後結果出來，與錢謙益預料的一樣，祁彪佳的任命得到透過，朱倫奎很快下聖旨任命祁彪佳為兵部尚書、巡撫江南。
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