經過三天的準備，清軍在太平門地下的地道中裝入了七千斤火藥。等城內明軍所有注意力都被聚寶門和正陽門吸引過去後，才點火炸塌城牆。
清軍這次偷襲很成功，七千斤火藥將太平門邊上的城牆炸塌了二十多米。埋伏在一里地外山中的多鐸，看到大功告成，對身邊的所有將領說道：“諸位，城破就在今夜！一會兒跟著本王一同進城，進城後屠城十日，殺光所有沒剃頭的漢蠻子！”
所有將領在南京城下吃癟半年，早已經憋了一肚子怨氣，聽多鐸這麼說紛紛叫嚷：“殺光漢蠻子！十王千歲！”
“好，勒克德渾，你帶領三千兩白旗將士為先鋒！巴圖，你帶領五千人蒙古八旗做後隊支援勒克德渾，其他所有將領都與本王一同進城！”
多鐸的命令釋出下去，作為副將的勒克德渾帶著三千兩白旗主力第一個衝進南京城。這時城牆上的明軍都被火藥的衝擊震暈了，再加上人數比清軍少，很快這段負責防守這段城牆一千多明軍被砍殺殆盡。勒克德渾很容易在城內建立了據點，其後的援軍如同潮水一樣衝進南京城。
馬錫的指揮部距離破口處並不太遠，剛才的震動震塌了都察院的幾棟房子，馬錫從瓦礫中鑽了出來，拉住一個士兵叫道：“快去，快去看看怎麼回事？”
不用那個士兵去檢視，很快訊息傳了過來，距離馬錫指揮部三百米處的城牆被炸塌二十多米的口子，清軍大隊已經攻進城內。
馬錫聽到這個訊息大吃一驚，呆了一會兒馬錫並沒有組織有效抵抗，而是帶上二十多個親兵，轉身逃往北城。
指揮官的逃跑讓明軍亂成一團，這時東城副將謝廣坤正在龍廣山指揮炮兵，馬錫的逃跑讓明軍馬上陷入群龍無首的狀態。太平門參將安鎮西看到情況不妙，原本也想學馬錫逃跑，但是安鎮西想到馬鋮對自己兄弟的大恩，原本安鎮西只是貴州一個土兵，要不是馬鋮的賞識和提拔，他們兄弟怎能做到參將的高位？
想到這安鎮西咬了咬牙，抄起兵刃，砍死一個逃跑的明軍，然後站在高處喊道：“所有人不準退，逃跑就是這個下場！現在聽老子的號令，都跟著老子去殺敵！”
安鎮西雖然站出來組織抵抗，可是他的職位太低，只有不到三百人跟著他一同出了都察院衙門，其他大部分士兵都往北城逃去。
安鎮西帶著這三百人剛出都察院衙門，就看到不遠處的街角衝過來一夥身穿白衣服的清軍，兩幫都已經發現對方，馬上衝在一起混戰起來。
安鎮西帶領的三百人只有不到一百人是新軍，其他大部分都是衛所軍，這些人如果碰到清軍的漢軍旗還能打一打，可是碰到主力中的主力兩白旗，那就根本不是對手了。
沒有十分鐘，安鎮西的三百人死傷慘重，安鎮南身中六處刀傷，看到這個情況安鎮南知道不行了，他拉過一個百戶叫道：“快去給軍門大
人送訊息！還有跟老子哥哥說，讓他給老子報仇！”
安鎮西在死戰的時候馬鋮已經趕到應天府衙門，現在情況不明，南城清軍還在攻城，馬鋮可不敢隨便抽調南城的守軍支援東城，沒辦法只好使用自己的預備隊了，那五千神機營。
馬鋮的神機營絕對是最精銳的存在，這支軍隊雖然數量只有五千人，但是全部裝備了火銃，還裝備了一百門最新式的火炮，戰鬥力在明軍中最強。
因為滿清攻城，神機營在兩位遊擊顧長衛與許大虎的帶領下，早已經準備好，就等城牆那地方出現險情好支援。馬鋮馬不停蹄趕到神機營駐紮的承恩寺，對顧長衛與許大虎叫道：“你們兩個，帶上所有手下，跟著老子去東城！”
顧長衛原本是馬鋮的常隨，與馬鋮的關係很近，這時趕緊湊上來問道：“軍門大人，剛才東城出現火光與震動，是不是城破了！”
“老子那他孃的知道，現在帶你們就是去看看怎麼回事！”
顧長衛聽馬鋮這麼說不敢怠慢，趕緊約束手下整治隊伍，在馬鋮的帶領下趕奔東城。
馬鋮帶著人剛趕到西安門外大街，就看到前面一群人慌慌張張的跑來，走進一看正是守城的明軍。馬鋮也管不了這幫潰兵，抓過來一個渾身是血計程車兵問道：“東城出了什麼事？”
那個士兵神情恍惚的說道：“城破了，北虜進城了，他們見人就殺，嚇死我了！”
“北虜進城？他們怎麼進來的？馬錫呢？”
馬鋮連連追問情況，但是那個士兵已經被嚇傻了，嘴裡翻過來覆過去就是那幾句話，馬鋮看也問不出來什麼有用的情報，只好將這個傢伙放了。
馬鋮騎在馬上對身後的神機營士兵叫道：“大家注意，現在北虜進城了，看到不是咱們的人或者留著辮子的傢伙，一個不留全都殺了！”
馬鋮說完帶著士兵沿著西安門大街往太平門而去，西安門大街去往太平門要經過西皇城根北街，這裡緊靠皇城，現在東城火光四起喊殺震天，所有守衛皇城的錦衣衛都被驚醒，紛紛站在城頭看太平門方向出了什麼問題。
在馬鋮經過西安門時，城上一個負責守衛千戶叫道：“下面的兄弟，城內出什麼狀況了？”
神機營計程車兵叫道：“北虜進城了，軍門大人帶著我們去打仗！”
北虜進城，這可是大訊息，那個千戶趕緊將訊息傳給皇帝朱倫奎。皇帝得知這件事後長嘆一聲，看來自己連一年皇帝都沒做成，就要成為滿清的階下囚。
這時太后馬宏寧也得知了訊息，從慈寧宮趕到乾清宮，神情悲傷的皇帝朱倫奎看到這個自己名義的母親，哭道：“太后，城破了！朕要當階下囚了！”
太后馬宏寧雖然外表柔軟，但是內心十分剛強，聽朱倫奎這麼說怒道：“皇帝，你是一國之君！這種時候要做出表率，現在貴陽侯已經帶兵去剿滅
入城的北虜，事態怎麼發展還不一定，就算貴陽侯兵敗，你也要學思宗皇帝殉國才是！”
思宗就是朱由檢，馬宏寧的意思讓朱倫奎學朱由檢上吊殉國，但是誰也不想死，朱倫奎也不想，可是這個時候他還能說什麼呢？
宮內的太后與皇帝準備大事不妙就自殺殉國，這時候的馬鋮已經帶著部隊來到府軍右衛，這裡是城內的軍營所在，同時因為這裡靠近皇城，所以民房不多，在這裡馬鋮碰到了安鎮西派來的那個百戶。
那百戶看到援軍來了十分高興，跑到馬鋮面前叫道：“軍門大人，軍門大人！末將是太平門參將帳下百戶，安大人派末將來求援兵！”
終於碰到一個清醒人馬鋮十分高興，趕緊下馬拉住那百戶問道：“到底出了什麼情況？”
“軍門大人，太平門邊上的城牆被北虜炸塌了二十多丈，現在大批北虜精兵已經進城，安大人正在前面帶人抵抗！”
安鎮西雖然是參將，可是東城這裡比他高階的將領有的是，最高將領是馬錫，副將是謝廣坤，就是和安鎮西平級的參將還有五六個，所以怎麼也輪不到安鎮西這麼一個參將指揮。
“為什麼是安鎮西指揮？馬鋮呢？謝廣坤呢？”
聽馬鋮這麼說，那個百戶哭道：“軍門大人，馬總鎮在城破時就帶著人跑了，謝副鎮當時正帶人在龍廣山，現在生死不知！”
馬鋮聽馬錫一仗沒打就跑了，怪不得剛才從太平門跑回來的潰兵那麼多，原來都是馬錫帶的頭。攻城戰和登陸戰差不多，最為關鍵的就是城破之時，如果這時守軍能反應過來，仗著絕對的人力優勢，很容易將進攻一方擋在破口外。
雖然東城這邊的一萬新軍被馬鋮抽調走五千，可是還有五千新軍和兩萬衛所軍，除了這些還有兩萬青壯民夫，如果馬錫能在第一時間處置得當，完全不能造成現在這個後果。
馬鋮氣的大罵馬錫，但是這個時候他能怎麼辦？清軍就在前面，馬鋮也不能去找馬錫算賬。沒辦法馬鋮只好將馬錫丟在一邊，命令神機營展開戰鬥隊形，時刻準備與清軍打一場遭遇戰。
東城這裡都是軍營，地勢很開闊，馬鋮讓神機營每小旗為一組，每百戶為一個團隊，小心翼翼的沿著太平門內大街前進。
走到距離都察院衙門五百米處，神機營終於碰到清軍了。這夥清軍人數不多，大概在百人左右，正在一個牛錄的帶領下四處殺人放火。
馬鋮的神機營營養很好，完全沒有夜盲症的限制，在一百米外就看到這夥清軍，為首的百戶叫道：“瞄準，開火！”
神機營訓練有素，在百戶的指揮下十秒內就打出了三輪射擊，對面的清軍猝不及防，當場被打死了二十多人。清軍為首的牛錄看到碰到明軍大隊，並且這幫明軍是全火器部隊，知道碰到城內的精銳了，趕緊招呼剩下的清軍退回屋內。
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