爾哈齊兩次進京朝貢，得到明廷的特別優撫，給予了與努爾哈赤同等的政治待遇和禮遇。
這讓舒爾哈齊事實上已經登上了大明建州衛女真的第二號首領的政治寶座，且意外地叩開了幸福之門。於是，他青年時期的昂揚鬥志和進取精神便逐步退隱，各種因襲勢力和傳統思想的影響則乘勢而入。
舒爾哈齊開始在現有社會秩序的格局中徘徊摸索，這就意味著他與努爾哈赤同路人的關係已宣告結束。在同努爾哈赤以及與自己的進取思想告別以後，舒爾哈齊在傳統思想和現實政治外界壓力的雙重壓力下繼續後退，成了現實生活的保守者。
為了立於不敗之地，舒爾哈齊毫不動搖地稱臣明廷。萬曆三十四年十二月，在努爾哈赤“連續二年不肯進貢”的情況下，舒爾哈齊第三次入京朝貢。而明廷再次確認了他的都督、都指揮的政治身份。
在大明的不斷拉攏下，舒爾哈齊的思想也在發生激劇地變化，一種擁明自立的慾望與日俱增，對明廷的忠誠已經達到了“向來中國宣逾，無不聽從”的程度。
與此同時，舒爾哈齊還積極發展與烏拉的關係。萬曆二十四年、二十六年和三十一年，曾先後三次與布佔泰聯姻，其政治影響已逾越了部落的屏障，實力也大大加強。在建州女真內部，舒爾哈齊也因“得眾心”，終於成了與努爾哈赤抗衡的一支主要力量。
由於思想上的分歧，舒爾哈齊與努爾哈赤的政治關係則日益緊張。“在國家大政中”不時發生激烈爭吵。
政治上的對立，必然導致軍事上的不合作和對立。史載萬曆二十七年九月，努爾哈赤率兵徵哈達。在如此重大戰役中，舒爾哈齊先是“按兵不戰”，繼而又“填擁於前”，致使努爾哈赤陷入被動挨打之境地，“軍士多被傷者”，這與其說是消極，倒不如說是對立。
又如萬曆三十五年三月，努爾哈赤命舒爾哈齊等率兵取烏拉所屬蜚悠城，舒爾哈齊偏袒烏拉、消極對抗的態度已十分明顯，他先是欲退兵不戰，後又滯留不追。
戰鬥結束後，工於心計的努爾哈赤以“抗命”罪欲誅舒爾哈齊所屬二臣，削其力量。舒爾哈齊則立即“攤牌”，以“誅二臣，與我死無異”的強硬態度，迫使努爾哈赤作出讓步。至此，其兄弟關係終於走到勢同水火的地步。
如今這一世界裡，時間還只是萬曆十六年年初，而且去年因為蝴蝶效應的關係，努爾哈赤先是因為與圖們勾結而被大明警告，現在又因入侵董鄂部而遭到討伐，所以並沒有來得及稱王，因此他們二人在女真內部依然是“寧古塔大貝勒”、“寧古塔二貝勒”的身份。
然而，這並不妨礙舒爾哈齊思想的轉變比原歷史上更快。
因何而快？當然是因為大明對他的支援遠比原歷史上更給力。
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